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现有6个职能部门、7个研究中心、2个支撑部门，是以苹果、梨、葡萄、桃、李、杏、草莓、蓝莓、猕猴桃等果树为研究对象的国家级科研机构。
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科学研究
致力于解决我国果树产业发展中基础性、战略性、全局性、关键性、前瞻性的重大科技问题，重点开展应用研究和应用基础研究。
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利用全方位的先进科技手段和高水平科技平台，促进乡村振兴、脱贫攻坚和果业可持续发展，推进美丽中国、健康中国建设。
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坚持人才强所战略，不断引进和培养优秀果业科技人才，造就了一支高层次人才集中、结构优化、充满活力的人才队伍。
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充分发挥专家、平台、资源优势，现已形成包括博士、硕士、留学生和专业学位教育等在内人才培养体系。
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不断完善果树科技平台建设，为同类科研机构和全国果树科技创新工作提供有力支撑。
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国际合作
科学布局全球科技合作平台，不断加快国际化人才培养，深化“一带一路”共商共建，开展更加富有成效的国际交流与合作。
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期刊学会
发布果树科技新成果、新品种、新技术、新方法、新进展，交流科技创新和果树先进生产经验，打造具有更高水平的果树科研信息系统。
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党建文化
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深入贯彻落实党中央各项方针政策，不断加强精神文明和创新文化建设，党建与科研紧密结合共同促进果树科技事业发展。
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